Wenn die Nahrungsbestandteile in den Magen gelangen, werden die Proteine dort von Pepsin in Aminosäureketten zerlegt. Die zerlegte Masse wird durch den Magenpförtner in den Dünndarm gepresst. Damit das Enzym Pepsin nicht in den Geweben des Verdauungstraktes enthaltene Proteine angreift, gibt es im Körper Schutzmechanismen. Das Enzym Pepsin wird in seiner inaktiven Form, Pepsinogen genannt, hergestellt und freigesetzt. Erst im Mageninneren, durch die Anwesenheit der Salzsäure, wird von Pepsinogen 44 Aminosäuren abgespalten und dadurch wird Pepsinogen in die aktive Form von Pepsin umgewandelt. Damit Pepsin nicht die Gewebezellen des Magens angreift, gibt es einen Schleimüberzug zum Schutz, solange man kein Magengeschwür hat.