Noch wichtiger ist der Assoziationskortex. Wir können an alles Mögliche denken und von allem Möglichen träumen, aber am wichtigsten ist es, was wir am Ende tun werden. Für unser Verhalten, für die Programmwahl und für das Entscheidungstreffen ist der Assoziationskortex verantwortlich. Es ist wünschenswert, dass wir ein nützliches Verhalten aktivieren, das uns diese oder jene Aufgaben lösen lässt, die diese oder jene Bedürfnisse befriedigen. Deshalb gelangen gerade in den Assoziationskortex die Informationen von Bedürfnissen. Der Hypothalamus sendet das Signal vor allem an den Assoziationskortex. Zum Beispiel: „Ich will essen“ oder „Ich will mich fortpflanzen“ oder „Mir ist bange. Vielleicht ist es an der Zeit, wegzulaufen.”

Nachdem der Assoziationskortex die Informationen über Bedürfnisse bekommt, wendet er sich an Gedächtniszentren, individuelle Erfahrung und assoziativen parietalen Kortex mit einer Frage: „Passiert etwas Wichtiges in der Umgebung?“ Nachdem der Assoziationskortex diese drei Informationsströme bekommt, trifft er die Entscheidung bezüglich des Starts eines bestimmten Verhaltens. Wenn es Ihnen bange wird, entscheiden Sie sich dafür, den Ort zu verlassen. Dafür muss man aufstehen, sich die Beine bewegen und zu einem anderen komfortablen Ort gehen. Das Signal aus dem Assoziationskortex wird in den motorischen Kortex übergehen und der motorische Kortex wird das Signal ans Kleinhirn und ans Rückenmark senden und wir werden anfangen, uns mit Händen und Beinen zu bewegen und etwas zu tun.